Au début des années 50, la Force Aérienne est en pleine mutation. Ses escadrilles de chasseurs et de chasseurs bombardiers sont à présent toutes équipées de jets et le remplacement des T-6/Harvard par des appareils d'entraînement modernes à réaction devient de plus en plus urgent. En 1958, une commande de 45 Fouga Magister est passée. Les biplaces de conception française sont destinés à équiper l'Ecole de Pilotage Avancé de Kamina. Le MT 1, premier d'un lot de 18 appareils arrive d'ailleurs sur cette base le 22 janvier 1960 dans la soute d'un C-119G.

La mise en œuvre des avions est rapide mais les troubles de juin 1960 vont précipiter le cours de l'Histoire et aucune promotion d'élèves-pilotes n'aura le temps d'être lâchée sur Fouga dans le ciel du Congo. Six appareils sont néanmoins armés de deux mitrailleuses de 7,62 mm et de deux paires de roquettes de 5 pouces et participent à des missions d'intimidation.

Fin 1960, trois Fouga sont rapatriés directement par C-119 tandis que les quinze suivants transitent par l'Afrique du Sud. Après avoir été remontés à Coxyde, ils gagnent Brustem qui abrite à présent l'EPA et le Flight Formation Moniteurs (FFM), lesquels forment dès 1962 le Centre de Perfectionnement. En vertu d'accords conclus avec les Pays-Bas, l'EPA assure la formation des élèves des deux pays et en 1970 cinq Fouga (MT 46 à MT 50) sont acquis auprès de la Luftwaffe pour compenser les appareils perdus. Cette coopération se prolonge jusqu'en 1971. Cette même année, l'EPA et le FFM reprennent les traditions des 7ème et 9ème escadrilles.

En 1979, les Fouga sont remplacés par les Alpha Jet. Leur carrière est pourtant loin d'être terminée. Dans un premier temps, ils sont dispersés dans différentes bases et servent d'avions de liaison. En 1988, tous les Fouga sont rassemblés à Brustem au sein de la 33ème escadrille où ils sont utilisés par les pilotes visiteurs (officiers-pilotes affectés en Etat-Major qui viennent entretenir leurs aptitudes au pilotage). La fermeture de la base en 1996 entraîne leur déménagement vers Beauvechain et la constitution, trois ans plus tard, du Flight Fouga qui regroupe la dizaine de machines restantes.